Liman Kilisesi, antik kentin güney liman iskelesinin doğu ucunda yer almaktadır. Yapı doğu-batı aksında yerleştirilmiş yaklaşık 11,4 m x 5,2 m ölçülerinde dikdörtgen bir plana sahiptir. Batı tarafta enine dikdörtgen bir girişi (narteks), gerisinde çift nef sırası ve iki apsisi bulunmaktadır. Ne zaman ve kim tarafından yaptırıldığı kesin olarak bilinmeyen yapı, olasılıkla Orta Bizans Dönemi’nde, daha evvel mevcut olan çift nefli bir kilisenin kalıntıları üzerine inşa edilmiş olmalıdır. Kilisenin limana gelen veya buradan sefere çıkan denizcilerin kullanımına yönelik yapıldığı düşünülmektedir.